Um pescador chamado Barnabé Pereira, chegou de canoa, através do Rio Parnaíba, até um monte que passou a chamar de Furo. O pescador veio do povoado Melancias, que fica a 7 km de Magalhães de Almeida, onde sua casa era constantemente alagada nas enchentes pelas águas da lagoa naquele povoado. Por conta disso, Barnabé Pereira decidiu procurar um novo local para morar, então decidiu descer o Rio Parnaíba, chegando até onde hoje é Magalhães de Almeida. Após sua chegada ao local, viu que era um lugar alto e ideal para morar, o pescador decidiu construir sua casa e logo depois foi batizado de porto de Santo Antonio, hoje no local do porto é a igreja do Santo Antônio, padroeiro da cidade, e no mês de janeiro a cidade fica celebra os festejos de São Sebastião, período em que a cidade recebem seus conterrâneos e visitantes.

A cidade já foi distrito do município de São Bernardo desde 1937, e posteriormente foi elevada à categoria de município em 1 de outubro de 1952.[6]